CID creo que estás pifiando la contraseña.. me parece:
Para hacer acciones como super usuario o "root" en Ubuntu usás la pass del usuario normal que te pregunta en la instalación.
Si querés administrar algo te salta un cuadro de diálogo que te pide la contrseña, ya que solo un "root" puede entrar en esos lares. La que usás es la del usuario normal.
Si usás la consola tenés que usar el "sudo" y te pide tu pass (Nuevamente: La de usuario normal)
Entonces cada vez que usés "sudo" antes de cualquier comando, lo hacés como "root".
Espero que sea eso, es lo que te entendí...

Aioz.-
P/D: Otra cosa puede ser que no esté asignada la password:
Abrí la consola:
sudo passwd root y le das a enter.
Te va a pedir la pass de USUARIO que instaló. Después si, te pedirá una pass de root. Es tonto decirlo, pero mirá que no esté el CAPS y el BloqLock activado, tipeá la clave para root, confirmás la clave. Cerrás sesión. Y probá de nuevo. No se me ocurre otra cosa.
Cualquier cosa especificá si es en Modo Gráfico o no.
Salud!