Por empezar, las diferencias van mas alla de una simple letra, los 3 son plataformas similares, pero tienen sus caracteristicas que las distinguen
J2ME (Java 2 Micro Edition): esta es una plataforma de desarrollo de aplicaciones para dispositivos con recursos limitados, como por ejemplo: celulares, PDA's, Palm's, etc. Existen 2 versiones de la plataforma:
la Connected Limited Device Configuration (CLDC) y la Connected Device Configuration (CDC), ambas se diferencian en las caracteristicas del lenguaje que soportan y en los paquetes que incluyen. La CLDC es mucho mas limitada que la CLC.
J2SE (Java 2 Standart Edition): esta es la versión estandart de la plataforma, es decir, la que la mayoria usa para desarrollar sus aplicaciones de escritorio o de la web, fue la que originalmente feu desarrollada por Sun.
J2EE (Java 2 Enterprise Edition): es la version mas grande de JAVA y se utiliza por lo general para crear aplicaciones grandes de cliente/servidor y para desarrollo de WebServices.
Bueno, espero que les sea util esta pequeña introducción